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男性生殖器官分内、外两部分。内生殖器官包括睾丸、附睾、输精管、射精管、精囊腺、前列腺、尿道球腺等，外生殖器官包括有阴茎和阴囊。
阴茎和阴囊
阴茎是一个圆柱状器官，平时绵软，垂在阴囊前面。它的外面有一层皮肤包裹着，顶端可翻上去的皮肤叫包皮。尿道海绵体的前端膨大成为阴茎头（又叫龟头）。龟头与阴茎交界处有一沟叫冠状沟。
尿道是一个细长的管道，全长约12厘米，尿道内口位于膀胱，外口在阴茎头龟头上。另外输精管、射精管、精囊、前列腺和尿道球腺都与尿道相通。尿道是向体外排尿和排射精液的通路。当阴茎海绵体和尿道海绵体充血时，阴茎就增大变硬，这种现象叫勃起。成人阴茎平均7～10厘米，勃起时长度可增加。
阴囊是皮肤构成的一个囊袋，位于阴茎后面。阴囊皮肤表面皱纹很多，薄而柔软，富有弹性，有丰富的汗腺和少量阴毛。阴囊温度变化敏感。受热时，阴囊松弛；受冷时，阴囊收缩，睾丸上提。
阴茎是男子的性交器官，兼有排精与排尿的双重作用。
阴囊的主要作用是保护睾丸、调节温度。这是因为阴囊的皮肤汗腺丰富，所以有调节温度的作用，使睾丸处于恒温环境。人类睾丸产生精子所需的温度条件要比体温低。在炎热的夏天，阴囊的皮肤就舒张，以扩大表面积，从而散热，使睾丸降温，有利于精子的产生和贮存。
睾丸
睾丸位于阴囊内，左右两侧各一，呈卵圆形。左侧的较右侧略低一些，小一些，睾丸表面有两层光滑的膜，膜之间有少量液体，因此睾丸可以自然滑动。剧烈运动也不会受伤。睾丸内部的重要结构是曲细精管，是产生精子的地方，在曲细精管之间的组织里有一群群的间质细胞，是产生男性激素（雄激素或称睾丸一点酮）的地方。
睾丸是男性生殖系统中最重要的器官。具有产生精子和分泌雄性激素的双重作用，从青春期开始产生精子，到了老年即衰退，停止产生精子。睾丸除了产生精子外，还有精曲小管的间质细胞分泌雄性激素，其中睾丸酮的活性最强。雄性激素的作用主要是：
①促进精子生成、发育；
②促进男性副性器官发育，维持其正常的活动；
③激发和维持男性的副特性；
④促进蛋白质的合成，促进肌肉发育和骨骼生长。
睾丸的生精功能和内分泌功能不是孤立的两个过程，它们是相互影响的。
附睾
附睾贴在睾丸后侧，由一条弯曲盘回的附睾组成，一端与睾丸的20余条输出小管相连接，另一端与输精管相连接，是精子从睾丸到输精管的通路。睾丸产生的精子，在附睾内停留一些时候才能完全成熟，附睾还有贮存精子和吸收衰亡精子的作用。
精子在睾丸里产生后，离开曲细精管时不会运动，必须在附睾中经历一段成熟的过程，除此之外，因睾丸在不断地产生精子，但不是经常排精，有不少精子就是停留在附睾中的，因此附睾又是个“贮存库”。精子在附睾贮存的时间一般为20天，也可长达40天，不过贮存时间过久的精子，其受精能力显著下降。若精子长期无机会排出，附睾也能把其中一部分消化吸收掉。
输精管
输精管左右各一条，是输送精子的管道，粗细如火柴棍，全长约50厘米，输精管内分泌液体提供精子营养，并促进精子继续成熟，输精管收缩能使精子排出。输精管上行通过骨盆进入下腹部与精囊腺相接，精囊腺的排泄管接射精管，它开口于尿道前列腺部。由于阴囊上部一段的输精管因阴囊肤薄很容易摸到，所以施行输精管结扎术在此部位。
由于输精管和射精管是输送精子的管道。所以临床上根据这一生理作用，对男性施行输精管的结扎手术，使输精管起不到输送作用，从而达到绝的目的。
前列腺
前列腺是一个实生腺体，像栗子样大小，其分泌物为精液的主要成分。前列腺位于尿道根部周围后面紧贴直肠，尿道从前列腺内穿过，有导管与尿道相通。
在男性生殖器官中，前列腺是一个最大的附属性腺，前列腺是个像栗子样大小的米腺样、半纤维肌肉性组线，完全围绕在尿道的开始段周围，后紧贴直肠，尿道从前列腺体内穿过，有导管与尿道相通。前列腺外面被一层薄而坚韧的囊所包围，由直肠膀胱筋膜所隔开。
前列腺分为五叶。前叶：在尿道前面的连接部位，也叫峡部，没有腺体组织。中叶：在尿道后面、两个射精管的前面。也很少有腺体组织，当这个叶肥大时，能像活瓣一样阻住尿道内口，对排尿有很大的障碍，患者越用力往外排尿，它就越把尿道口堵得严密，有时这一叶的肥大程度并不重，可是排尿障碍也很严重。后叶：在射精管后面的部分。侧叶：在直肠指诊时，中央有个纵行的浅沟，在沟的两侧，就是左右两个侧叶。前列腺能分泌一种乳状液体，射精的时候，前列腺液、精囊液、附睾和输精管里的精子随尿道球腺的分泌液，一同经尿道射出体外，前列腺液占一次射精液量的13～32％。
前列腺液中含有特别高浓度的酸性磷酸酶，它还含有纤维蛋白溶酶，使凝固的精液重新液化。前列腺液呈碱性，可缓和阴道中的酸性分泌物，以适应精子的生存与活动。前列腺液中还含有大量透明质酸酶，使精子容易穿过子宫颈粘液栓及卵子的胶状腺，有利于受孕。
由于前列腺位置的重要性，故在临床上也就有重要的意义。当男子年过45岁以后，有的开始萎缩，但更多的是发生肥大，影响排尿。
前列腺的生长发育，与睾丸有密切联系。儿童时前列腺很小，尤其是腺体部分很不发达；当青春期来临，有16岁左右时，随着睾丸的发育而迅速增长，平均在24岁时达到最高峰，此后一直保持在衡定状态，而行使其正常的功能。
精囊
精囊有两个，前后略扁如囊状，位于膀膛后面前列腺上方。精囊分泌含有蛋白质的碱性胶状液，是精液组成的一部分，有营养精子促进精子活动能力的作用。
精囊的生理作用主要是制造和和精囊液。精囊液是组成精液的主要成份，占每次射精液量的50～80％，精囊液里含有两类重要物质，一类叫果糖，供给精子必要的能量；另一类是酶类物质，其作用可以使射入女性生殖道内的精液保持一定时间的凝固性，防止从阴道流出。
尿道球腺及旁腺
尿道球腺位于三角韧带两层之间，开口位于球部尿道，尿道旁腺分布于前尿道，当发生性冲动时，分泌清亮粘液，由尿道口排出，性交时起润滑作用。